L'étude réalisée par l'Afsset a montré que les critères de la nouvelle directive européenne sur les eaux de baignade (applicables en 2015) augmenteront le pourcentage de sites non conformes à la baignade pour les eaux douces et de mer (cf. Hydroplus n°181, p. 14). Nathalie Kosciusko-Morizet, secrétaire d'État à l'Écologie, a donc lancé le 1er août 2008 une nouvelle certification pour permettre aux sites de baignade de se préparer à la directive.
Dès 2009, les sites dont les eaux seront de bonne qualité recevront un logo identifiable par le grand public. La certification sera fondée sur plusieurs critères d'amélioration : la définition d'un profil de plage qui identifie les éventuelles sources d'impact sur le classement, l'abaissement des seuils de tolérance microbiologique, l'actualisation des analyses et le renforcement du suivi de la qualité. Outre la qualité des eaux de baignade, elle impose un dispositif de transparence et d'information auprès du public et des estivants. Cette certification pourrait devenir une condition nécessaire pour l'obtention du label environnemental Pavillon bleu.
Par ailleurs, l'Agence européenne pour l'environnement (AEE) et Microsoft ont mis en ligne un portail baptisé Eye on Earth, qui renseigne sur la qualité de l'eau d'environ 21 000 sites européens.