La Région Rhône-Alpes a développé une méthodologie, en collaboration avec l'État, sur la mise en oeuvre des trames vertes et bleues. Estimant qu'elle « bénéficie aujourd'hui de deux ans d'avance » sur les décisions du Grenelle, la Région demande à ce que l'élaboration de la trame nationale « [tienne] compte des travaux déjà réalisés à l'échelle régionale dans un souci de concertation et de mise en cohérence ». Dès juillet 2006, la Région a mis en place une politique de préservation du patrimoine naturel volontariste qui soutient la construction d'un réseau régional des espaces préservés. Cette volonté s'est traduite par la mise en place de « contrats de territoire corridors biologiques » et par la réalisation de la cartographie des réseaux écologiques de la région Rhône-Alpes. Élaborée en concertation avec près d'une centaine de structures locales et régionales, cette cartographie constitue une base de travail pour les acteurs rhônalpins. Elle comprend un atlas composé de 62 cartes, une base de données SIG - décrivant 650 points de conflits, 350 obstacles, 1 800 barrages et seuils, accompagnés de 450 commentaires - ainsi qu'un guide méthodologique pour la mise en oeuvre de programmes.