Le ministre de l'Agriculture et de la Pêche était questionné au Parlement sur les effets juridiques du classement de certains territoires agricoles en zones Natura 2000. En effet, dans ces zones, il semblerait qu'effectuer des travaux modifiant le fonds comme le drainage ou bien encore le comblement de fossé soit interdit. En outre, il a été rappelé récemment que les exploitants agricoles sont tenus, au titre de la conditionnalité des aides, de ne pas détruire d'habitat ou d'espèce remarquable, sur toutes les surfaces qu'ils exploitent. Le ministre rappelle que, dans un site désigné au titre du réseau Natura 2000, les obligations des exploitants agricoles peuvent découler d'engagements contractuels ou d'obligations légales spécifiques à ces zones. Ainsi, dans le cadre des contrats ou des chartes Natura 2000 conclus avec les agriculteurs volontaires, les pratiques agricoles spécifiques sont précisées au sein de ces engagements. Par ailleurs, les articles L 414-4 et suivants du code de l'environnement prévoient que tout programme ou projet de travaux ou d'aménagement soumis à un régime d'autorisation ou d'approbation administrative, dont la réalisation est susceptible « d'affecter de façon notable un site Natura 2000 » doit faire l'objet d'une évaluation d'incidence afin d'établir son impact sur le site. Cette obligation concerne l'ensemble des acteurs : État, collectivités locales, établissements publics ou acteurs privés, dont les exploitants agricoles. Certains drainages et travaux qui relèvent du régime de la police de l'eau sont soumis à cette procédure et peuvent donc être interdits. Pour les aides de la PAC, la non-destruction des espèces ou des habitats remarquables est une des obligations de la conditionnalité. Ces dispositions s'appliquent dans les sites du réseau Natura 2000 mais également sur l'ensemble du territoire. Des pénalités peuvent être infligées à l'égard des exploitants agricoles ayant contrevenu à ces obligations et ayant fait l'objet d'un procès-verbal.