Michèle Rousseau était jusqu’à présent adjointe à la commissaire générale au développement durable au sein du CGDD, et avait auparavant occupé notamment le poste de secrétaire générale du ministère de l’Écologie. Elle remplace Guy Fradin, qui dirigeait l’agence depuis 2004. Il reste quant à lui vice-président du comité d'organisation du Forum de l'eau, sur lequel il va se concentrer jusqu’en mars 2012. Il réfute par ailleurs tout lien entre ce changement à la tête de l’agence de l’eau et les informations sorties dans la presse récemment sur le retard de paiement des redevances des industriels et des collectivités à l’agence de l’eau. Il s’agit selon lui d’un hasard de calendrier. Il y a quelques semaines, Anne Le Strat avait été élue à la tête du comité de bassin de l’agence de l’eau Seine-Normandie, remplaçant André Santini. L’équipe de direction de la plus grande agence de l’eau française se voit ainsi profondément renouvelée et féminisée.