À la veille de la définition des prochains Sdage (20152021), le ministère de l'Écologie a missionné plusieurs associations (Astee, Académie de l'eau, SHF et Afeid) pour tirer les principaux enseignements des programmes de mesure (PDM) mis en place dans le cadre des Sdage fin 2009. Premier constat de leur rapport, la complexité du dispositif : « La multiplication et l'enchevêtrement des procédures donnent ainsi une image confuse avec des compétences qui se recoupent et des responsabilités qui se croisent. » Par ailleurs, la notion de masse d'eau ne semble pas comprise par les acteurs locaux, tout comme la notion de bon état écologique. Point positif néanmoins, « l'entrée en application des programmes d'actions montre une évolution positive notamment sur les problématiques complexes de restauration physique et de continuité écologique. »
Pour améliorer le dispositif, les associations proposent de revoir l'échelle territoriale actuelle. « Bien que les objectifs du Sdage soient définis par masse d'eau, il est important de maintenir, pour le plan de mesures, une approche par bassin-versant qui constitue le cadre de cohérence hydrographique le mieux adapté pour la mise en œuvre opérationnelle des actions conçues dans le cadre de politiques contractuelles définies à l'échelle de chaque territoire. » Ils souhaitent aussi que les stratégies d'animation soient plus efficaces, notamment avec des chargés d'études mieux formés à l'ingénierie écologique. Enfin, le rapport préconise une vision à moyen ou long terme du financement des PDM. « Les coûts directs et induits des mesures réglementaires notamment doivent être précisément connus et dotés de financements adaptés. »