Le programme RhoMeo, associant chercheurs et gestionnaires de zones humides du bassin Rhône-Méditerranée, a produit une « boîte à outils » téléchargeable depuis janvier 2014, facilitant et harmonisant le suivi de ces milieux. Le programme, lancé en 2009 avec un cofinancement de 4 millions d'euros de l'agence de l'eau et du Feder, réunit trente-et-une structures (associations, conservatoires botaniques, réserves naturelles, etc.) coordonnées par les conservatoires des espaces naturels (CEN).
Ils ont choisi, à partir de deux cents sites tests, treize indicateurs croisant les approches : niveaux d'humidité, d'engorgement ou encore de fertilité du sol, dynamique hydrologique, vulnérabilité à l'eutrophisation, qualité floristique, humidité du milieu, intégrité des peuplements d'odonates et d'amphibiens, ou encore pressions (d'artificialisation et agricole). Pour chaque indicateur est donné le type de milieu où il est applicable, les fonctions dont il rend compte (hydrologique, biogéochimique, biologique), les pressions auxquelles il est lié, une gamme de coûts (de 0 à 1 000 euros par campagne d'échantillonnage), ainsi que le type et le niveau de compétences nécessaires (flore, faune, analyse chimique, piézométrie, SIG, pédologie). L'utilisateur choisit ainsi ce qu'il va évaluer. « Cela dépend de la question que se pose le gestionnaire », commente Delphine Danancher, du CEN Rhône-Alpes.
Pour chaque item choisi, l'utilisateur dispose de trois fiches. La première présente l'indicateur : ses fondements scientifiques (avec bibliographie), les informations qu'il indique sur le milieu et, enfin, des recommandations sur les campagnes de mesures. La seconde fiche décrit le protocole, la méthode de mise en place et un retour d'expérience des tests. La troisième permet l'analyse des données et leur interprétation, avec une méthode de calcul de la note à attribuer à la zone humide et les moyens de lui donner un sens, notamment en la comparant aux minimales et maximales observées dans les zones du même type. « In fine, il revient au gestionnaire de traduire tous ces résultats en actions à conduire », commente Xavier Gayte, coordonnateur de RhoMeo au réseau des CEN.
Un suivi à une échelle plus large a aussi été testé sur douze territoires. En appliquant, par exemple, au périmètre des zones humides d'un même territoire, les critères IGN d'éloignement par rapport à une route ou à des habitations, on obtient une carte révélant la « tache » d'artificialisation des sols. Exprimée en pourcentage de la surface globale du territoire, celle-ci peut-être comparée au ratio d'un réseau de sites plus large encore. Un même suivi est prévu à l'échelle des bassins-versants et du bassin Rhône-Méditerranée, voire de l'Hexagone.