Dans le secteur agricole, le procédé offre non seulement la possibilité de produire de l'énergie renouvelable à partir de déchets et d'effluents d'élevage, mais aussi de réduire les coûts des intrants, tout en améliorant le bilan gaz à effet de serre des exploitations. Peu d’entre elles pourtant se convertissent. Fin 2012, seulement 90 unités sont opérationnelles dans des fermes, contre 7 000 en Allemagne. Le plan national a pour but d’accélérer leur essor et de lever les freins actuels. S’ils sont essentiellement réglementaires, ils concernent aussi les débouchés et les moyens de valorisation de l'azote organique issu des effluents.
L’objectif est ambitieux : 1 000 méthaniseurs à la ferme d'ici 2020. Pour l’atteindre, plus d’une centaine de projets par an devront aboutir. Un guichet unique va être créé pour aider les porteurs de projets. Seront privilégiés, selon le ministère, « les installations collectives, les circuits d'approvisionnement courts et des technologies et savoir-faire français ». Côté tarifaire, le dispositif d'achat de l'électricité produite à partir de biogaz sera amélioré. Il est aussi prévu de faire évoluer le statut du digestat, actuellement considéré comme un déchet. Pour les chambres d’agriculture, il conviendra de rester vigilant à la qualité de sa composition, « surtout si les boues urbaines y étaient incorporées ». Au modèle unique, elles préfèrent le sur-mesure et défendent des projets variés, adaptés, « pas seulement les projets industriels ».MBLe plan Energie méthanisation autonomie azote