Depuis 2004 et la loi du 21 juillet 2003 de programme pour l'Outre-Mer, la politique de continuité territoriale se compose d'un ensemble d'aides à la mobilité pour les résidents de l'Outre-Mer, dont deux outils principaux : la dotation de continuité territoriale et le passeport mobilité. Plusieurs difficultés de mise en oeuvre de ce dispositif sont apparues, en particulier d'importantes disparités dans les conditions d'attribution des aides selon les territoires. En outre, l'Union européenne et les collectivités territoriales concernées n'ont jamais contribué à financer les actions de continuité territoriale mises en oeuvre grâce à la dotation de continuité territoriale. Un décret du 18 novembre 2010 (n°2010-1425) organise le fonctionnement et les modalités de gestion du fonds de continuité territoriale, dont les ressources sont déterminées annuellement en loi de finances. Prévu à l'article 50 de la loi du 27 mai 2009 pour le développement économique des Outre-Mer (Lodeom), ce fonds regroupe les dispositifs existants et en modifie les modalités de gestion. La gestion du fonds est confiée à l'Agence de l'Outre-Mer pour la mobilité (Ladom). Initialement, la loi prévoyait la mise en place de groupements d'intérêt public (GIP) associant Ladom et collectivités et posait le principe d'un conventionnement entre l'Etat et les collectivités pour la gestion du dispositif. Toutefois, dans un premier temps, aucune collectivité n'a proposé de compléter le dispositif pour élargir les critères sociaux ou renforcer les aides. La Ladom a par conséquent été mandatée pour prendre en charge la gestion du dispositif. Depuis lors, le conseil régional de la Réunion a proposé de créer un GIP.
La convention passée entre Ladom et l'Etat prévoit les conditions dans lesquelles l'agence assure la gestion, le versement et le contrôle des aides versées, ainsi que les modalités par lesquelles elle rend compte de l'exécution de ces aides. Le décret détermine également les modalités d'établissement et de transmission des bilans de ces actions. Ladom est chargée d'évaluer, conjointement avec l'Etat, le dispositif à travers des comptes rendus trimestriels et annuels présentant, par aide, le nombre de bénéficiaires, la consommation de crédits ainsi que les prévisions pour l'année en cours et l'année suivante. Par ailleurs, un comité de suivi, placé sous la présidence du délégué général à l'Outre-Mer, est constitué pour examiner les conditions d'emploi du fonds et la répartition par catégorie d'aide et par territoire opérée par l'agence. Le fonds finance désormais l'aide à la continuité territoriale (en prolongement de la dotation de continuité territoriale) destinée à financer une partie du titre de transport des résidents d'Outre-Mer entre leur collectivité de résidence et le territoire métropolitain ; le passeport mobilité études « destiné aux étudiants inscrits dans un établissement d'enseignement supérieur en raison de l'inexistence ou de la saturation, sur le territoire de résidence, de la filière d'études choisie, et ayant pour objet le financement d'une partie du titre de transport » ; le passeport mobilité études destiné aux lycéens de Saint-Pierre-et-Miquelon et de Saint-Barthélemy « lorsque la filière qu'ils ont choisie est inexistante dans leur collectivité de résidence habituelle et que la discontinuité territoriale ou l'éloignement constituent un handicap significatif à la scolarisation » ; le passeport mobilité formation professionnelle « destiné aux résidents d'Outre-Mer bénéficiant d'une mesure de formation professionnelle en mobilité ». Afin de contenir les dérives, le bénéfice de ces aides est désormais soumis à des conditions de résidence, de ressources et de non-cumul entre elles sur une année. Le fonds peut également financer l'aide à la continuité territoriale contribuant à financer une partie du titre de transport entre collectivités à l'intérieur d'une même zone géographique ou contribuant à réduire le prix des titres de transport à l'intérieur d'une même collectivité, en cas de difficultés particulières d'accès à une partie de son territoire sur les liaisons définies par arrêté (cas de la Guyane). Par dérogation, il peut financer le passeport mobilité formation professionnelle destiné aux personnes admissibles à certains concours d'accès à la fonction publique ou à certains établissements d'enseignement supérieur dont la liste sera définie par arrêté ministériel. Enfin, pour l'exercice 2010, le fonds peut financer les frais de gestion nécessaires à la mise en oeuvre des aides précitées et à la délivrance des titres de transport correspondants ainsi que l'évaluation et le suivi des actions financées par le fonds.
Un second décret en date du 18 novembre 2010 (n°2010-1424) fixe les conditions d'application des différentes aides et les limites apportées à leur cumul.