La mise en place d'une politique globale et d'une gestion durable de l'eau nécessite une importante coordination entre les objectifs de protection et de gestion des eaux et les mesures d'aménagement et de développement du territoire. Élaboré dans le cadre de la Communauté transfrontalière de l'eau (CRFG – Grand Genève - Agglomération franco-valdo-genevoise) et réunissant quatorze autorités et collectivités suisses et françaises, ce protocole, signé pour une durée de quinze ans, porte sur la gestion de l'eau et couvre toutes les thématiques afférentes : eau potable, assainissement, rivières, inondations, etc.
Les signataires s'engagent sur cinq axes de travail concernant le périmètre franco-valdo-genevois :
protéger la ressource en eau afin d'en garantir la pérennité ;
protéger et reconstituer les cours d'eau en favorisant la diversité des organismes et des milieux ;
maintenir le régime hydrologique naturel des cours d'eau ;
pérenniser les efforts réalisés en matière d'assainissement ;
apporter des réflexions sur les situations de crises.
Pérenniser les actions mises en place
La collaboration transfrontalière et intercantonale est déjà très bien instaurée, il s'agit donc de la pérenniser par ce protocole. Les stations d'épuration (STEP) genevoises traitent les eaux usées provenant de près de 90 000 habitants de France voisine. Dans l'autre sens, les eaux usées produites par environ 1 230 habitants du canton de Genève sont traitées dans des STEP françaises. De même, les eaux usées d'environ 550 habitants genevois sont traitées dans des STEP vaudoises.
De par l'abandon des petites unités de traitement au profit d'une centralisation dans de plus grandes STEP, cette collaboration transfrontalière et intercantonale permet, d'une part, une rationalisation des coûts de l'assainissement et, d'autre part, une meilleure performance de traitement avec des rejets dans des milieux récepteurs moins sensibles.
Le caractère transfrontalier de ce territoire demande que la question des situations de crise soit abordée dans le but de coordonner les instances et les procédures d'intervention pour une gestion optimale, notamment pour la protection de la ressource en eau et la protection des cours d'eau en cas de risque de pollution accidentelle par exemple. Ainsi, des protocoles d'intervention coordonnés seront mis en place ainsi qu'une étude de la sensibilité de la ressource en eau en cas de crise.