Il est composé de 24 membres issus de disciplines appliquées au secteur de l’eau et des milieux aquatiques, dont cinq personnalités étrangères (voir liste ci-dessous). La première séance a permis  d’identifier les enjeux prioritaires en terme de recherche et développement (R&D). Après une analyse de la cartographie des compétences en matière de recherche, cette séance a définit le programme des actions prioritaires à mener ou à soutenir ces prochains mois avec l’Onema et ses partenaires. Le conseil scientifique sera chargé d'étudier les perspectives et les opportunités en termes de R&D dans le domaine de l’eau et des milieux aquatiques, d’animer des réflexions en vue d'identifier des programmes de recherche ainsi que des partenariats scientifiques pertinents à développer. Les membres devront également évaluer la programmation scientifique et les activités conduites par l’Onema en matière de R&D, formation, diffusion et valorisation.  Composition du conseil scientifique Les membres ont été nommés, pour 4 ans, par arrêté en date du 16 juin 2008. Président : Luc Abbadie, ingénierie écologique, professeur université Paris VI, directeur du laboratoire de biogéochimie et écologie des milieux continentaux, ENS Paris, France Jean-Pierre Amigues, économie, directeur de recherche INRA Toulouse, France Martin Arnould, WWF France Giovanni Bidoglio, ressources en eau et écosystèmes, chef d’unité au Centre commun de recherches de la Commission européenne, ISPRA, Italie Christian Blaise, écotoxicologie, chercheur senior, Centre Saint-Laurent, Environnement, Montréal, Canada Hélène Budzinski, physico-chimie et toxico-chimie des systèmes naturels, directeur de recherche CNRS, université Bordeaux, France Thierry Caquet, écotoxicologie, directeur de recherche INRA Rennes, France Eric Doutriaux, transports solides en cours d’eau, ingénieur, Compagnie Nationale du Rhône, Lyon, France Bernard Drobenko, droit, enseignant chercheur université Limoges, France Agnès Ducharne, hydrologie des surfaces continentales, chargé de recherche CNRS, université Paris VI, France Agathe Euzen, sociologie, chargé de recherche CNRS, université Paris 1, France François Guérold, écologie fonctionnelle, professeur université Metz, France Alain Héduit, génie des procédés épuratoires, directeur de recherche Cemagref, Antony, France Arthur Jobert, socio-économie, ingénieur chercheur R § D EDF Paris, France Patrick Kestemont, biologie des organismes, directeur unité de recherche, Namur, Belgique François Lacroix, eau environnement, directeur adjoint Société ingénierie et conseil Saunier et Associés, France Eric Lesueur, technologies eau et déchets, directeur de projets Veolia eau Paris, France Yves Levi, santé publique-environnement, professeur université Paris XI, France Robert Naiman, hydroécologie, professeur College of Ocean and Fishery Sciences and College of Forest Resources, université Washington, USA Jean-Luc Peiry, géographie physique, professeur université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand, France Armin Peter, écomorphologie des cours d’eau, chercheur EAWAG, Suisse Pierre Ribstein, hydrologie, hydrogéologie, professeur université Paris VI, France Pascal Saffache, aménagement et analyse environnementale, maître de conférences Géographie-Aménagement, Université des Antilles et de la Guyane Eric Tabacchi, biodiversité, chargé de recherche CNRS, université Toulouse, France