Parmi les « 1 000 mesures » et les 26 milliards d'euros du plan de relance annoncés le 2 février à Lyon par le Premier ministre François Fillon, quelque 20 millions d'euros seront consacrés au projet de canal à grand gabarit Seine-Nord Europe entre Compiègne et Cambrai. Cette rallonge budgétaire, destinée à « accélérer la réalisation des travaux préparatoires » au canal, ne réglera cependant pas le problème de financement apparu après que les présidents des conseils généraux du Nord, du Pas-de-Calais, de l'Oise, du Val-d'Oise et de la Somme eurent annoncé leur refus « de participer au financement direct du creusement du canal » le 13 janvier. Sur un budget global estimé à 3,2 milliards d'euros, assuré par les collectivités locales, l'État et l'Union européenne, les cinq départements prennent en effet déjà en charge une enveloppe de 200 millions d'euros. Ces sommes sont consacrées aux opérations foncières et à des opérations de voirie comme le relevage des ponts. Il restera alors, pour les départements, à participer au financement des aménagements prévus autour du canal, tels que les plates-formes multimodales et les voiries d'accès.
Par ailleurs, 100 millions d'euros du plan de relance iront « accélérer les travaux de mise à niveau de la voie d'eau, d'entretien fluvial et de reconstruction de barrages », notamment pour assurer la sécurité des usagers. Cet effort financier s'ajoute aux 120 millions d'euros déjà imputés dans le budget 2009 de Voies navigables de France, qui sont donc antérieurs au plan de relance.
Si les canaux sont les mieux lotis du secteur de l'eau dans ce plan, ils sont loin derrière le transport routier (400 millions d'euros) et ferroviaire (300 millions financés par l'État, 700 millions assurés par la SNCF). Les ports, quant à eux, recevront 50 millions d'euros. Enfin, des projets variés d'infrastructures vont être accélérés ou tout simplement rendus possibles, tels qu'une station de production d'eau potable en Corse ou des installations de production énergétique sur le barrage de la Couze (Sainte-Féréole).