L'Onema a signé avec le ministère de l'Écologie son premier contrat d'objectifs pour les années 2009 à 2012. Intégrant les engagements du Grenelle de l'environnement, ce contrat conforte le rôle de l'Onema dans la reconquête du bon état des eaux et des milieux aquatiques. À cette occasion, la secrétaire d'État à l'Écologie, Chantal Jouanno, a annoncé le lancement d'un plan d'action national pour la restauration de la continuité écologique des cours d'eau d'ici à 2015. L'Onema, les agences de l'eau et les établissements publics sont tenus d'adopter un plan d'action ambitieux, regroupé autour de cinq piliers.
Le premier axe vise à renforcer la connaissance. L'Onema va ainsi mettre en place la base nationale de données sur les seuils et barrages, appelée « référentiel des obstacles à l'écoulement des eaux » (ROE) et répertoriant près de 60 000 seuils et barrages. Le deuxième pilier prévoit de définir des priorités d'intervention de restauration par bassin. Pour cela, la restauration de la continuité écologique (trame bleue) devra se faire en s'appuyant sur l'ensemble des usagers, et en rendant compatibles les usages entre eux.
Le troisième axe du plan porte sur la révision des 9es programmes des agences de l'eau et des contrats d'objectifs en cours, afin de dégager des financements pour aménager 1 200 ouvrages, recensés comme prioritaires d'ici à 2012.
Les services de police de l'eau auront également un rôle à jouer. Leur feuille de route pour 2009-2010 comprend un programme pluriannuel d'intervention sur les obstacles les plus perturbants pour les migrations piscicoles. Enfin, le dernier axe de ce plan concerne l'évaluation des bénéfices environnementaux de ces mesures.
Chantal Jouanno a profité de la présentation de ce plan pour annoncer une opération symbolique : le non-renouvellement de la concession du barrage de Vezins, sur la Sélune, dans la Manche, et son effacement. Ce barrage présente une impossibilité d'aménagement pour la montaison et dévalaison des poissons migrateurs et en particulier des saumons, alors que la rivière est classée en ce sens. Les options d'effacement vont être étudiées et un plan d'accompagnement technique et financier des collectivités concernées est à l'étude, suivant l'avis de la commission locale de l'eau de la Sélune.