L'arrêté du 1er octobre 2009 modifie les trois premiers articles de l'arrêté du 24 juin 2008 précisant les critères de définition et de délimitation des zones humides ainsi que son annexe 1. Ces nouvelles dispositions s'appliquent à la mise en oeuvre de la rubrique 3.3.1.0 de l'article R. 214-1 du code de l'environnement (Assèchement, mise en eau, imperméabilisation, remblais de zones humides ou de marais). Les critères permettant de définir les zones humides sont complétés. Ainsi, pour les sols dont la morphologie correspond aux classes IV d et V a, définis d'après les classes d'hydromorphie du groupe d'étude des problèmes de pédologie appliquée (GEPPA, 1981 ; modifié), le préfet de région peut exclure l'une ou l'autre de ces classes et les types de sol associés pour certaines communes, après avis du conseil scientifique régional du patrimoine naturel. Le critère de la végétation est également modifié puisque la liste des espèces peut être complétée par une liste additionnelle d'espèces arrêtées par le préfet de région sur proposition du conseil scientifique régional du patrimoine naturel, le cas échéant, adaptée par territoire biogéographique. L'arrêté contient, en annexe, la liste des types de sols des zones humides ainsi que des dispositions méthodologiques qui remplacent l'annexe 1 de l'arrêté du 24 juin 2008.