L'arrêté du 12 janvier 2010 attribue à certaines Directions départementales des territoires (DDT) et de la mer (DDTM) des compétences interdépartementales dans les domaines de l'eau dès lors que les missions dépassent le cadre d'un département. Ces missions interdépartementales s'effectuent sous l'autorité fonctionnelle des préfets des départements concernés et portent sur la surveillance des crues, de prévision et de transmission de l'information sur les crues concernant certains bassins hydrographiques et cours d'eau ; de la police de l'eau, du domaine public fluvial, de la signalisation maritime et de la gestion des capitaineries dans certains départements.