L'Onema a annoncé la signature de plusieurs partenariats. Fin décembre 2010, il a signé une convention avec l'OIEau pour trois ans. Le programme d'actions est doté pour l'année 2011 de 2,9 millions d'euros. L'objectif principal de cette association est d'améliorer et diffuser les connaissances techniques sur l'eau et les milieux aquatiques, au travers d'une offre conjointe de formation continue, séminaires, activités documentaires, valorisation des résultats de recherche et développement. Fin janvier 2011, c'était au tour de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation de l'environnement et du travail (Ansès) de signer avec l'Onema une convention de partenariat de trois ans. Leur collaboration concernera les enjeux de sécurité sanitaire liés aux secteurs de l'eau et des milieux aquatiques. Elle se concrétisera notamment par un travail commun de priorisation des substances polluantes à rechercher, mais aussi d'évaluation des risques sanitaires posés par ces substances. Le partenariat aura en outre pour objectif de développer des méthodes d'analyses chimiques et écotoxicologiques. Dans le cadre du plan national de réduction de l'usage des pesticides (Ecophyto 2018), les deux organismes développeront en particulier un système d'information sur les risques et impacts des pesticides dans l'eau. Enfin, le 4 février, un accord-cadre d'une durée de quatre ans a été signé avec EDF afin d'engager des actions communes pour optimiser la compatibilité de la production électrique avec la protection et la restauration des cours d'eau et des milieux aquatiques. L'accord-cadre couvre neuf thématiques principales, de la gestion de la ressource en eau à la gestion des espèces aquatiques, en passant par la dynamique des rivières et les aspects socio-économiques. Il est complété d'un volet spécifique R et D.