Lorsque la qualité de l'eau potable ne respecte pas les limites de qualité réglementaires fixées par l'arrêté du 11 janvier 2007 et qu'elle ne peut être rétablie à court terme, le Code de la Santé publique prévoit que la personne responsable de la production ou de la distribution de l'eau dépose auprès du préfet une demande de dérogation dont les modalités sont détaillées dans l'arrêté du 25 novembre 2003. Une nouvelle instruction du 18 décembre 2013 du ministère des Affaires sociales et de la Santé précise ces modalités. Elle rappelle tout d'abord les conditions nécessaires pour l'octroi d'une dérogation : que l'utilisation de l'eau ne constitue pas un danger potentiel sanitaire, que le demandeur prouve qu'il ne peut utiliser dans l'immédiat aucun autre « moyen raisonnable », tels que traitement, interconnexions ou changement de ressource et enfin qu'il ait établi un plan d'actions précis et réaliste visant à rétablir la qualité de l'eau. L'instruction précise aussi les procédures de dérogation : type de procédure, mise en œuvre du plan d'actions, renouvellement d'une dérogation et sanctions. Les modalités de saisie des informations dans la base de données SISE-Eaux d'alimentation sont aussi détaillées. Par ailleurs, elle définit les lignes directrices pour la transmission des informations par les agences régionales de santé au ministère de la Santé en vue de l'information à la Commission européenne. En effet, cette dernière doit être informée de l'octroi d'une première et d'une deuxième dérogation car c'est elle qui évalue une troisième demande de dérogation potentielle. Enfin, le texte prévoit l'élaboration d'un bilan national des dérogations accordées au cours des dix dernières années (2004-2013).