Dans son rapport annuel, la Cour des comptes consacre un chapitre aux agences de l'eau. Elle constate que « les importants moyens dont elles disposent pourraient être employés de manière plus efficace ». Des critiques pas vraiment nouvelles. « Les agences de l'eau sont le marronnier de la Cour des comptes », commente perfidement Bernard Barraqué, directeur de recherche émérite au CNRS. La composition des comités de bassin, qui pèsent sur l'attribution des aides et le taux des redevances, est au centre des critiques. Malgré une réforme récente, les usagers professionnels restent surreprésentés au risque bien réel de faire dominer les intérêts catégoriels. S'y ajoute l'opacité des décisions d'attribution des aides puisque la liste des bénéficiaires et les montants versés ne sont pas systématiquement rendus publics. L'autre critique vise les redevances. « En 2013, 87 % des redevances étaient supportées par les usagers domestiques, alors que ceux dont l'activité est à l'origine de pollutions graves ne sont pas sanctionnés en proportion des dégâts qu'ils provoquent. » Cette fois, la Cour des comptes en fait porter la responsabilité au législateur. « La loi sur l'eau et les milieux aquatiques, en modifiant l'assiette et le taux de certaines redevances, a constitué un recul dans l'application du principe pollueur-payeur. » La Cour des comptes préconise de mettre en place un dispositif de prévention des conflits d'intérêts, de rendre publiques les décisions d'attribution des aides et leurs bénéficiaires, de fixer des taux planchers pour les redevances, de renforcer la taxation des pollutions agricoles, d'accroître la sélectivité des aides et d'évaluer les interventions.