Les microscopes seront-ils bientôt rangés au profit de séquenceurs d'ADN ? La question n'est pas encore d'actualité mais cet été une campagne de mesure de grande ampleur, menée par l'Inra  va permettre de tester une nouvelle méthode : le métabarcoding, c'est à dire le séquençage massif d'ADN pour participer à la détermination de la qualité des cours d'eau.Jusqu'à aujourd'hui, l'analyse de la présence et de la diversité des diatomées, des algues microscopiques, permet de définir un indicateur (IBD) de la qualité de l'eau. Chaque espèce présente, en effet, une sensibilité différente à la pollution. Ces analyses et celles réalisées sur d'autres types d'organismes comme les poissons, sont ensuite rapportées à l'Europe dans le cadre de la Directive cadre sur l'eau (DCE) qui vise au bon état de l'ensemble des masses d'eau du continent. « Pour les diatomées, on analyse des échantillons au microscope. On détermine l'espèce grâce à une clef d'identification. C'est très long et fastidieux. Il s'agit donc de réaliser la séquençage massif d'ADN pour gagner en temps et en coût », détaille Frédéric Rimet, chercheur au Centre alpin de recherche sur les réseaux trophiques et les écosystèmes limniques.Après le prélèvement de biofilms en rivières, l'ADN est extrait et certaines parties, caractéristiques de l'espèce (barcode), sont amplifiées. Pour identifier les espèces de diatomées présentes dans l'échantillon, les chercheurs ont construit une base de données recensant les « barcodes » de chaque espèce. Les correspondances sont réalisées automatiquement. Avec le nombre de séquences, on peut en partie quantifier la présence des différentes espèces les unes par rapport aux autres. La technique a déjà été expérimentée à Mayotte avec succès.Le développement de ce type de méthodes intéresse particulièrement les Dreal, les agences de l'eau et l'Onema, partenaires de l'expérimentation avec des bureaux d'études tels qu'Asconit consultants, Aquabio conseil ou Sage environnement. 150 prélèvements seront réalisés dans la Loire, le Doubs, la Vienne, l'Ardèche, la Meurthe et l'Adour. « Cette expérimentation nous permettra à la fois d'enrichir notre base de données et de valider la technique en comparant les résultats avec les analyses sous  microscope  », ajoute Frédéric Rimet. Les résultats devraient être disponibles en 2017. D'autres travaux du même type ont aussi été engagés sur les macro-invertébrés qui servent eux-aussi d'indicateurs dans le cadre de la DCE. Pauline Rey-Brahmi