L'article R 2229-27 du code de l'environnement prévoit que, préalablement à tout recours contentieux à l'encontre d'une décision d'affectation ou de délivrance de quotas d'émission de gaz à effet de serre prise au bénéfice d'un exploitant ou d'une décision de limitation des émissions de gaz à effet de serre, l'exploitant saisit le ministre chargé de l'Environnement qui statue après avis d'une commission. Cette dernière instruit ces réclamations et rend un avis motivé au plus tard dans un délai de six semaines à compter de sa saisine. La note du 6 septembre 2007 a donc pour objet de préciser certaines modalités de fonctionnement de la Commission de recours. Ainsi, le délai de six semaines court à compter de la saisine par le directeur ou le chef de service compétent du président de la Commission de recours, qui demande alors au directeur de la Prévention des pollutions et des risques d'en convoquer les membres. La commission peut recueillir l'avis d'un expert ou d'un fonctionnaire des services déconcentrés et se prononce sur la base d'un projet d'avis rédigé par la direction de la Prévention de la pollution et des risques. La procédure devant la commission est écrite et ses séances ne sont pas publiques. Afin de satisfaire à l'obligation de confidentialité faite par le premier alinéa de l'article R 229-29 du code de l'environnement, l'avis de la commission, qui est transmis au ministre pour être joint à sa réponse à l'exploitant, ne peut être rendu public sous une forme ou une autre.