La Cour des comptes fait état de « points positifs » dans la gestion d'Eco-Emballages et Adelphe, et émet des préconisations sur les REP, dans son rapport actualisé 2007-2013 sur les deux éco-organismes. Ce document, bouclé fin 2015, a été rendu public par Eco-Emballages. Comme attendu, la Cour plaide pour une fusion entre les deux éco-organismes et leur rapprochement avec Ecofolio. Le rapport ne s'étale pas sur la crise financière traversée par Eco-Emballages en 2008. « Comment de l'argent a pu se retrouver dans les paradis fiscaux reste une question en suspens », aux yeux de Nicolas Garnier, délégué général d'Amorce. Et d'ajouter : « Le plan de relance de 90 millions d'euros est surtout une compensation du manque à gagner pour les collectivités, lié à la clause de revoyure. » La Cour prend position sur l'objectif de 75 % de recyclage, « hors d'atteinte à l'échéance prévue », sur une commission consultative d'agrément « paralysée », des centres de tri à moderniser ou à mutualiser. « Nombre de sites ne sont pas amortis », tempère Nicolas Garnier. Tandis que la connaissance des coûts reste « très perfectible », deux bases de données coexistant, celle de l'Ademe et celle d'Eco-Emballages, et leur rapprochement se fait attendre. Le soutien au développement durable, sujet à contestations, alimente une base de données, « la plus complète, à ce jour, sur les coûts des systèmes de collecte sélective », selon les magistrats. La Cour pointe « la très grande complexité » des barèmes, amont et aval. « Rien n'est fait pour évaluer l'efficacité du bonus-malus, notamment le malus sur les emballages perturbateurs du tri », complète Nicolas Garnier. En termes de contrôle des contributions des producteurs, « les marges de progrès se situent désormais surtout du côté de l'État », lance la Cour. Elle suggère de rendre obligatoire le logo Triman, via les cahiers des charges et de subordonner les soutiens aux collectivités à la mise à jour des consignes de tri.