La Cour des comptes juge « convenable » le niveau des rémunérations du personnel d'Eco-Emballages. Mais, elle interpelle l'éco-organisme sur celui de son directeur général, à 200 000 euros bruts de part fixe en 2012, la part variable pouvant représenter 40 % de ce montant. La Cour lui rappelle son statut sans but lucratif, sa mission d'intérêt général et un risque de faillite réduit, en l'absence de marché concurrentiel.