Les nouvelles règles proposées par la Commission pour prendre en compte les émissions de gaz à effet de serre liées au changement indirect d'affectation des sols concentrent les critiques. La proposition prévoit de plafonner à 5 % la contribution des biocarburants de 1ère génération, produits à partir de cultures alimentaires, aux objectifs d'incorporation d'énergies renouvelables dans les transports. Mais aussi de mettre fin aux subventions aux biocarburants de 1ère génération après 2020 et de stimuler le développement de la 2ème génération.