L'agence de l'eau Adour-Garonne (AEAG) est la première agence à avoir signé une convention avec l'Onema, afin de programmer les actions communes à l'échelle du bassin en 2008, les autres agences devant signer avant la fin du mois de juin. La première des missions communes de l'Onema et l'AEAG est de déterminer les cours d'eau à préserver en priorité - cours d'eau en très bon état, réservoirs biologiques, axes à poissons migrateurs tels que l'alose, le saumon ou l'anguille - afin de préparer la phase de classement des cours d'eau dans le cadre du Sdage. Autre objectif prioritaire: la caractérisation des très petites masses d'eau. Il faudra fixer pour chacune d'entre elles des objectifs d'état écologique en 2015 et déterminer la fréquence des suivis à réaliser. Un suivi thermique des masses d'eau de surface sera mis en place par l'Onema et une base de données sur les ouvrages présents sur les cours d'eau sera constituée. Un préalable essentiel à la restauration de la continuité écologique, la trame bleue, voulue par le Grenelle de l'environnement. Parmi les autres actions, figure le suivi des ouvrages hydroélectriques auquel sont associées des actions de restauration de milieux et de protection des poissons migrateurs. Enfin, l'accent sera mis sur la formation des acteurs et des services locaux dans le domaine de la continuité écologique, des zones humides et de la restauration des cours d'eau.