Tous les six ans, le Comité national de l'eau (CNE) est renouvelé. Ainsi, André Flajolet, député du Pas-de-Calais, a été nommé président du CNE, succédant à Jacques Oudin, qui était en poste depuis 2003. André Flajolet était déjà membre titulaire du CNE. Les 154 membres du CNE ont également été désignés par arrêté. Il s'agit principalement d'usagers et de représentants des collectivités territoriales. Le comité comprend aussi des représentants du Parlement (deux députés, deux sénateurs), des membres du Conseil économique et social, des représentants des ministères, des représentants des préfets coordonnateurs de bassin, des représentants des directeurs d'agences de l'eau, des représentants des comités de bassin et des personnes qualifiées. Le président est assisté de trois vice-présidents : Daniel Marcovitch (élu), Christian Lecussan (industriel), Claude Roustan (président de la Fédération de la pêche). Le CNE comporte aussi trois commissions spécialisées et présidées par André Flajolet : le comité consultatif sur le prix de l'eau et la qualité des services d'eau et d'assainissement ; le comité permanent des usagers du système d'information sur l'eau ; le comité permanent de la pêche. Ces sous-comités ont été mis en place le 16 décembre 2008 et leurs membres devraient bientôt être nommés par arrêté. Ils sont néanmoins déjà opérationnels. Rappelons que le CNE a pour mission de formuler des avis sur les questions faisant l'objet de la loi de 1964 et des chapitres I à VII du code de l'environnement, sur les grands aménagements régionaux et les problèmes communs à plusieurs comités de bassins ou agences de l'eau.