La Cour des comptes a pointé dans son rapport annuel « les insuffisances » de la politique de l'eau, révèle le journal Le Monde dans un article publié le 28 janvier. La Cour dénonce notamment la faiblesse de la redevance sur la pollution azotée, qui n'est pas « réellement dissuasive » face aux pollutions d'origine agricole. Elle note que les agences de l'eau subventionnent les actions curatives pour des montants 1,8 fois supérieurs à celles préventives. La Cour critique aussi les « dysfonctionnements systémiques » de la gestion de l'eau : dilution des responsabilités, attentisme des agences, caractère insuffisamment répressif de la police de l'eau, faiblesse des comités de bassins qui sont dominés par des « groupes professionnels, mieux à même de faire prévaloir leurs préoccupations dans la durée que les élus et les associations », cite le journal. En réponse à la version préliminaire du rapport, le ministre de l'Écologie a souligné « l'immense mouvement de transformation engagé depuis trois ans », entre autres pour lutter contre les pollutions d'origine agricole, et les investissements des agences de l'eau qui, depuis 2009, sont « nettement plus sélectifs ».