Une étude réalisée sur 69 espèces de poissons d'eau douce du territoire métropolitain (parmi les 95 espèces recensées) révèle que quinze d'entre elles sont menacées de disparition. L'analyse réalisée montre que la dégradation et la destruction des milieux naturels constituent la principale menace pour les poissons d'eau douce de France métropolitaine. Il peut s'agir de l'extraction de granulats, de l'assèchement et du curage hivernal des zones humides, du drainage agricole des prairies humides, de la pollution, ou encore de la présence de barrages. Parmi les espèces évaluées, la situation des poissons migrateurs amphihalins, effectuant une partie de leur cycle de vie en rivière et une autre partie en mer, apparaît particulièrement préoccupante.