La facture de l'usine d'incinération de Mulhouse est conséquente pour Jacobs-Serete. Le tribunal administratif de Strasbourg a condamné le groupe américain à verser 47 millions d'euros au Sivom de l'agglomération mulhousienne en raison de dysfonctionnements répétés les premières années suivant la mise en service en 1999. Ce procès a été celui du lit fluidisé rotatif. Une technologie à l'origine de la cascade d'arrêts momentanés qui ont fait passer le coût de construction de 56 à 72 millions d'euros. Le juge en retire les surcoûts d'exploitation qu'il a chiffrés à 32 millions. Des frais annexes et une condamnation supplémentaire pour dépassements des normes de rejet de dioxines et furannes aboutissent au montant final. Jacobs-Serete percevra toutefois 4,8 millions du Sivom pour une période d'exploitation « gratuite » (terme utilisé par l'entreprise) et le préjudice moral. Le différend avait abouti en 2002 au refus du maître d'ouvrage de réceptionner l'équipement dimensionné pour 175 000 tonnes par an. L'année suivante, le Sivom avait résilié le contrat et transféré l'exploitation à Novergie.