Selon les estimations de l'Ademe, relayées par La Cour des comptes, 5 % des tonnages d'emballages ne sont pas déclarés dans le cadre de la REP. Ce « manque à recouvrer » concerne surtout le papier-carton et le plastique. Il est en grande majorité le fait de micro-entreprises (0 à 2 salariés) du commerce de proximité. Eco-Emballages et Adelphe totalisaient 21 687 adhérents, fin 2013.