Les objectifs assignés aux éco-organismes s'avèrent « diversement atteints », ce qui impose des évolutions structurelles pour certaines filières. C'est la conclusion de la Cour des comptes dans son rapport annuel 2016, qui examine sept filières. Le rapport plaide pour une généralisation de l'écocontribution visible. Une mesure qui, d'après Eco-Emballages, se heurterait au droit de la concurrence. De plus, la Cour relève « des résultats très limités » en matière d'écoconception. En aval, les magistrats pointent une transparence insuffisante sur les repreneurs. Ce qui « ne garantit pas le juste prix de reprise », par exemple dans la filière des papiers. Le rapport s'attarde sur les provisions, parfois jugées excessives : « Une telle situation ne peut perdurer ; les éco-organismes n'ayant pas vocation à être des gestionnaires de fonds. » Ecosystèmes caracole en tête, à plus de vingt mois d'écocontributions en 2013. L'intéressé invite cependant à prendre en compte les coûts totaux ou le chiffre d'affaires. Le recours à des seuils apparaît comme une réponse insuffisante, selon la Cour. C.C.