Le dispositif de délégation de gestion des fonds structurels sous forme de subventions globales (prévu à l'article 42 du règlement (CE) n°1083/2006 du Conseil du 11 juillet 2006) a été reconduit et élargi à l'ensemble des collectivités territoriales et à leurs groupements par décision du Comité interministériel à l'aménagement et à la compétitivité des territoires (Ciact) du 6 mars 2006. Il ne concerne que le Feder et le Fse. L'autorité de gestion, soit le ministère de l'Emploi en ce qui concerne le programme national Fse, soit les préfets de région pour les programmes déconcentrés Fse et pour les programmes régionaux Feder, désigne les organismes intermédiaires (régions, départements ou groupements) chargés de gérer les fonds structurels sous forme de subventions globales. Ces dernières ne peuvent représenter qu'une fraction des fonds européens disponibles. La délégation de la gestion desdits fonds structurels est soumise à la signature d'une convention entre l'autorité de gestion et la collectivité (ou le groupement) organisme intermédiaire. Au titre de ces obligations, l'organisme intermédiaire (la collectivité territoriale ou l'Epci) est notamment responsable de la mise en oeuvre de la subvention globale. Il reçoit les crédits communautaires correspondants et les attribue aux bénéficiaires qu'il sélectionne. La collectivité doit également procéder aux reversements des indus. La gestion de subventions globales par les collectivités territoriales et leurs groupements ne peut être suivie qu'au sein du budget de ces derniers. En outre, dans ses rapports publics pour 2001 et 2005, la Cour des comptes a rappelé que les fonds versés par la Commission européenne doivent être retracés au budget de la collectivité qui les reçoit. L'enregistrement comptable de ces fonds dans les seuls comptes de tiers non budgétaires est donc exclu. Un état spécifique, élaboré afin d'assurer le suivi de la subvention globale pour répondre aux exigences européennes, devra être joint au compte administratif. Il convient de reproduire cet état pour chaque fonds européen géré. Par ailleurs, les fonds européens étant des recettes affectées, leur emploi devra être retracé au sein de l'annexe budgétaire relative aux recettes grevées d'affectation spéciale conformément aux dispositions des instructions budgétaires et comptables M71, M52 et M14. La circulaire annule et remplace la circulaire du 25 avril 2001 relative aux fonds structurels européens et à la gestion de subventions globales par les régions.