Le décret n° 2008-1191 du 17 novembre 2008 a complété et modifié le dispositif réglementaire applicable aux comités médicaux, aux commissions de réforme et au conseil médical supérieur des trois fonctions publiques. Une circulaire commente les dispositions applicables à la fonction publique territoriale (FPT). La Cour des comptes dans son rapport « les accidents du travail et les maladies professionnelles des fonctionnaires », du 27 septembre 2006, d'une part a souligné les difficultés d'exercice des commissions de réforme, la lenteur de la procédure due à un nombre excessif de dossiers d'imputabilité au service non problématiques, du fait des obligations législatives et règlementaires les conduisant à les leur soumettre; d'autre part a constaté que les comités médicaux souhaitaient que le comité médical supérieur puisse jouer un vrai rôle de pilotage de leur activité, rôle qu'appelait également lui-même de ses voeux le comité médical supérieur. L'article 2 du décret n° 2008-1191 du 17 novembre 2008 modifie le décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 pris pour l'application de la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la FPT et relatif à l'organisation des comités médicaux, aux conditions d'aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux. Les modifications concernent les comités médicaux départementaux, le conseil médical supérieur, les commissions de réforme et la situation des fonctionnaires territoriaux reconnus définitivement inaptes à l'exercice de tout emploi et qui, en fin de droits à congé maladie, attendent leur mise à la retraite pour invalidité. Elles ont pour objectif d'améliorer et d'optimiser le fonctionnement des comités médicaux et des commissions de réforme, et du comité médical supérieur.