Sans attendre la création de l'Institut de la Ville Durable, qui a vocation à assurer le portage du label EcoQuartier, une deuxième vague de labellisation a été engagée en janvier 2014, permettant aux collectivités de signer la charte nationale des EcoQuartiers et de monter, pour les plus avancées, leur dossier de labellisation qui sera soumis à expertise courant 2014. Le label EcoQuartier doit progressivement devenir l'outil opérationnel de mise en œuvre de la politique du gouvernement en matière de ville durable et de reconnaissance de la qualité des projets d'aménagement mis en œuvre sur le territoire national. Le premier trimestre 2014 sera l'occasion pour les collectivités de manifester leur intérêt pour la démarche de labellisation, qu'elles soient membres du club EcoQuartier pour avoir participé aux appels à projet 2009 et 2011, ou qu'elles aient signé la charte des EcoQuartiers pour de nouvelles opérations. Ces villes pourront remplir leur dossier avec l'aide locale des services déconcentrés du ministère. Ces derniers seront notamment chargés de faire la sélection, au sein des territoires métropolitains et d'outre-mer, d'opérations compatibles avec une entrée à l'étape 2 (début du chantier) ou à l'étape 3 (livraison) du processus de labellisation pour être proposées à l'expertise en 2014.