Inventorier la faune et la flore prend du temps. En Seine-et-Marne, un département pionnier qui vient de boucler l'état des lieux de sa faune (après celui de sa flore), le travail a débuté en 2005. « On ne procède pas à un inventaire sans méthode. On s'appuie sur un protocole mis au point par le Muséum national d'histoire naturelle et des observations menées sur le terrain par une dizaine d'associations spécialisées », explique Jean Dey, son vice-président à l'environnement. Pour collecter des données jusque dans les espaces privés, la ville de Ouistreham (14) incite ses habitants à prendre le relais et à lui transmettre leurs trouvailles. Avant de se lancer, le premier réflexe des initiés est de s'appuyer sur la bibliographie existante : herbiers, cahiers d'habitats Natura 2000, données compilées par les conservatoires... « Il faut en faire la synthèse, cibler l'espèce à étudier et respecter la période la plus propice pour l'observer. Reste à adapter la méthode d'inventaire au périmètre d'étude », précise Jean-Loup Gaden, écologue au sein du bureau d'études Ecotope Flore Faune. Si le territoire est étendu et si l'on veut réaliser un inventaire de la biodiversité ordinaire le plus objectif possible, on aura recours à un échantillonnage aléatoire en déterminant au hasard les zones à prospecter. « Avant d'aller sur place, on choisit sa technique d'observation », ajoute Quentin Vercamer, au service environnement de la ville d'Haubourdin (Nord), une des sept communes pilotes en France à élaborer un atlas de la biodiversité. Elle rendra sa copie en fin d'année. « Pour la flore, on a procédé par quadrat, un quadrillage de zones à échantillonner où l'on compte les plantes et dresse la liste des espèces, poursuit-il. Pour les animaux, c'est plus compliqué et il faut du matériel : filets pour attraper les papillons, appareil à ultrasons pour débusquer les chauves-souris, équipements de pêche scientifique. » L'écueil à éviter est de viser l'exhaustivité. Sur le terrain, gare à ne pas tout noter ! « C'est un des travers des naturalistes, reconnaît Olivier Jupille, chargé de mission au Parc national des Pyrénées. Les fondamentaux sont d'indiquer le qui (le réalise), le quoi (l'espèce étudiée), le quand et le comment. Mais il faut calibrer ces informations en fonction de l'objectif de l'inventaire. » Fiables et plus abordables qu'avant, les solutions d'informatique embarquée aident à structurer ces informations. « Avoir un bon GPS est aussi important que de bonnes bottes », confirme Jean-Loup Gaden. Une fois rentré, il reste à analyser, à comparer ces données aux anciennes, à les consolider. Un travail facilité par le recours à des systèmes d'information géographique (SIG). Certains plébiscitent les solutions de fournisseurs comme Esri, d'autres développent leur propre outil. Digitale2, la base de données du conservatoire botanique de Bailleul, contient 3,5 millions de données sur la flore de trois régions ! « Le tout est de savoir les exploiter afin d'évaluer la vulnérabilité de la biodiversité et d'en tirer des mesures de protection. En Seine-et-Marne, on l'a fait pour élaborer notre schéma des espaces naturels sensibles. On le fera aussi pour la trame verte et bleue », promet Jean Dey.