Parmi les défis à lever pour la fabrication de carburant à base de micro-algues, la récolte tient une bonne place. Séparer l'eau des micro-algues se fait souvent par centrifugation, étape énergivore. Le procédé Enalgy de l'allemand Flottweg promet une réduction des coûts opérationnels (eau, énergie, etc.) de 60 % et de l'investissement de 25 % (pour une installation de 120 m3/h en sortie de réacteur). Flottweg propose un procédé en deux temps. D'abord, la culture de micro-algues est préconcentrée avec un bac statique ou une flottation à l'air dissous. Ensuite, l'extraction de l'eau se fait par centrifugation, permettant d'atteindre une siccité de 22 à 25 %.