En septembre 2012, Microphyt est passée à la deuxième étape de son développement : la production de microalgues pour la fabrication de biocarburants, en adaptant la technologie brevetée des photobio-réacteurs de 5 000 litres utilisée depuis fin 2009. Deux de ces tubes en pyrex de 50 m de long sont en service. Ils produisent les délicates chlamydomonas reinhardtii, utilisées pour les cosmétiques et les compléments alimentaires. Cette espèce est également intéressante pour la production de lipides transformés en biodiésel. Aussi, Microphyt veut développer des photobioréacteurs en plastique, flottant sur des plans d'eau. «  Ce système permettrait un dimensionnement important, plus économique, l'eau apportant un maintien en température », explique Michel Lemar, le directeur général de Microphyt, créée en 2007. Après une première maquette de 10 m de long réalisée fin 2010, une maquette de 50  m de long est en cours de fabrication. Quatre à cinq années sont nécessaires pour finaliser le procédé. Microphyt doit encore trouver 2 millions d'euros pour mener à bien ses investigations, le chiffre d'affaires n'étant pour l'heure que de 165 000 euros.