Le ministre de l'Agriculture et de la Pêche était interrogé sur les mesures réglementaires définies pour les propriétaires de terrains agricoles situés, en tout ou partie, dans le périmètre d'une zone de captage d'eau potable. Il lui était notamment demandé quelles contraintes pouvaient être imposées à l'exploitant agricole et, le cas échéant, quelles compensations pouvaient être envisagées.
Plusieurs dispositifs visent à compenser le coût des contraintes imposées à ces agriculteurs. Il peut s'agir de servitudes déclarées d'utilité publique. Dans ce cas, le gestionnaire du captage indemnise le propriétaire pour la dépréciation de ses terres et, si l'exploitant n'est pas propriétaire, il lui appartient de demander, soit la rétrocession d'une partie de l'indemnité que le propriétaire a reçue, soit une diminution du prix du bail qu'il lui paie. Par ailleurs, la loi d'orientation agricole du 5 janvier 2006 a créé le bail environnemental permettant à la collectivité gestionnaire du captage, ayant acquis des terres dans le périmètre de protection rapprochée, de réduire le montant du fermage.
Enfin, la Lema a institué les aires d'alimentation des captages qui ont pour rôle, notamment, de lutter contre les pollutions diffuses. Dans ces zones soumises à certaines
contraintes environnementales (ZSCE), le préfet peut arrêter un programme d'actions à destination des agriculteurs afin d'atteindre les objectifs de bon état écologique des masses d'eau à horizon 2015 prévus par la directive-cadre sur l'eau.
Lorsque ces actions sont volontaires, il est possible d'en financer le surcoût par le biais de mesures agroenvironnementales (MAE). Le décret n° 2007-822 du 14 mai 2007 relatif aux ZSCE donne la possibilité aux préfets de rendre ces mesures obligatoires, dans un délai de trois ans, dès lors que les agriculteurs les ont insuffisamment mises en oeuvre à titre volontaire. Le financement au titre des MAE n'est plus alors possible. Le règlement de développement rural autorise toutefois à accorder, aux agriculteurs concernés, une aide dont le montant est dégressif, afin de les accompagner dans l'adaptation de leur système d'exploitation au respect des nouvelles obligations. Dans ce cas comme pour les MAE, le financement de ces aides pourrait être pris en charge par l'agence de l'eau du bassin concerné.