Le Meeddat a présenté son budget pour les années 2009-2011, construit autour des priorités du Grenelle de l'environnement. Il représente 19 milliards d'euros (Mds€) d'engagements et 7,3 Mds€ de crédits de paiement sur cette période. Si la part de l'eau y est faible, plusieurs actions sont à noter. Tout d'abord un plan de 132 millions d'euros (M€) pour la préservation de la biodiversité sur le territoire (trame verte, bleue, aires et espèces protégées...), auxquels s'ajoutent 30 M€ pour la qualité écologique de l'eau (PCB, adaptation au changement climatique) et 125 M€ pour le développement de l'agriculture biologique. Soit un total de 286 M€. Un autre axe concerne la prévention des risques technologiques, industriels et naturels, avec le nouveau plan national santé environnement pour 98 M€, la lutte contre les risques naturels (adaptation aux risques, plan séismes DOM, inondations...) financée par le fonds Barnier à hauteur de 150 M€, et la réhabilitation des sites pollués et stations-service désaffectées pour 66 M€.