L'arrêté du 27 janvier 2009 complète le contenu des Schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (Sdage) et modifie certains articles de l'arrêté du 17 mars 2006. Ainsi, le Sdage comporte la liste des valeurs seuils retenues pour l'évaluation de l'état chimique des eaux souterraines et est accompagné d'un rapport de synthèse relatif aux eaux souterraines.
La nouvelle rédaction de l'article 7 de l'arrêté du 17 mars 2006 précise le contenu de ce rapport de synthèse relatif aux eaux souterraines qui doit notamment résumer la manière dont les valeurs seuils sont établies au niveau local.
Enfin, les exigences de la santé, de la salubrité publique et de la sécurité civile sont intégrées aux objectifs de quantité en période d'étiage et de débits de crise.