L'important arrêté du 25 janvier 2010 précise les modalités d'application du programme de surveillance de l'état des eaux qui est établi pour chaque bassin ou groupement de bassins afin de dresser un tableau cohérent et complet de l'état de ses eaux. Ce programme de surveillance est décliné en huit programmes distincts portant sur les eaux de surface, les eaux souterraines ainsi que sur certaines zones protégées (points de captage, par exemple). Il est régulièrement mis à jour et tenu à la disposition du public. Pour chacune des composantes, le programme de surveillance de l'état des eaux doit présenter des informations relatives à la méthodologie générale, à la cartographie des sites de contrôle et à la synthèse des informations. Pour les bassins inclus dans un bassin ou groupement de bassins international, doit également figurer la mention des organes de coordination et, le cas échéant, des autorités étrangères compétentes et les dispositions prises pour assurer la coordination du programme de surveillance. L'arrêté du 25 janvier 2010 contient de très nombreuses annexes. Il s'agit, pour les eaux de surface, des paramètres et des fréquences du programme de contrôle de surveillance, de la pertinence des éléments de qualité de l'état écologique, des substances de l'état chimique, des polluants spécifiques de l'état écologique et de certains éléments méthodologiques. Pour les eaux souterraines, il s'agit des fréquences minimales pour le programme de surveillance de l'état quantitatif, des densités minimales des sites, paramètres et fréquences pour le programme de contrôle de surveillance de l'état chimique et de certains éléments méthodologiques.