L'importante circulaire du 25 janvier 2010 détaille précisément le plan d'action pour la restauration de la continuité des cours d'eau qui s'inscrit dans le cadre des obligations définies au niveau européen par la directive-cadre sur l'eau et le règlement du 18 septembre 2007 instituant des mesures pour la reconstitution d'un stock d'anguilles en Europe. Ce plan d'action correspond également aux mesures initiées au niveau national par le Grenelle de l'environnement, au regard, par exemple, des trames verte et bleue.
Ce plan se décline en cinq piliers cohérents et complémentaires. Le premier pilier est celui de la connaissance, notamment par l'Onema au travers du référentiel national des obstacles à l'écoulement (ROE). Viennent ensuite la définition des priorités d'action par bassin et la révision des programmes des agences de l'eau et des contrats d'objectifs. Puis la mise en oeuvre de la police de l'eau et l'évaluation des bénéfices environnementaux complètent le dispositif.
Le travail d'inventaire national déjà entrepris par l'Onema a fait ressortir, avant consolidation des bases de données assemblées, la présence de 60 000 seuils et barrages sur l'ensemble des cours d'eau de métropole, dont à peine 10 % ont un usage économique bien identifié.
Pour une efficacité accrue du plan, la circulaire rappelle que la restauration de la continuité écologique passe par la suppression de « l'obstacle » à cette continuité, ce qui ne signifie pas systématiquement la suppression de l'ouvrage. Il est par ailleurs impératif d'établir des priorités d'intervention de manière concertée sur le bassin entre tous les services déconcentrés de l'État et les établissements publics concernés.
Enfin, il est également essentiel de baser les interventions sur une alliance entre police de l'eau, aides financières et structure locale des gestions de cours d'eau. La contractualisation entre les agences de l'eau et les collectivités territoriales doit permettre d'aider l'action de la police de l'eau.