D’après le Conseil d’Etat, l’avis défavorable émis en 2008 par l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa, intégrée depuis à l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail) est « entaché d’illégalité » en raison du non respect du « principe d’impartialité ». Certains de ses experts avaient des liens avec la Société anonyme de gestion des eaux de Paris (Sagep), « qui détenait en vue de son exploitation commerciale un brevet d'invention concurrent du sien ».
Opacité
Cette affaire pose tout d’abord la question de l’indépendance de l’expertise. D’après Thierry Coulom, co-fondateur d’Aquatrium avec Stéphane Boeglin, elle démontre aussi « l’opacité des systèmes d’expertise, dans lesquels il n’est pas possible de savoir qui a réalisé l’expertise, ni ce qu’il a déclaré. L’entreprise n’a accès qu’à une synthèse, soi-disant collégiale, en réalité préparée par ledit expert ».
Pour Aquatrium, le préjudice est de taille : « Pendant dix ans, nous n’avons pas pu vendre notre produit phare… » tempête Thierry Coulom. Le procédé est en place depuis 2006 dans deux villages de la Meuse pour faire face à des problèmes de turbidité : « c’est une solution peu chère, très concurrentielle face aux membranes », affirme-t-il. La Spirofiltration a aussi été conçue pour traiter les eaux trop riches en fer, manganèse, sulfures, ammonium.