Tout comme les végétaux, les sols sont des puits naturels de carbone. Ce stock organique prend de multiples formes : microflore, faune, racines et débris végétaux, sucres et celluloses ou molécules plus stables (lignine, tanins...). Ces stocks de carbone ont tendance à se décomposer en émettant de grandes quantités de gaz carbonique et de méthane, appauvrissant le sol. Face à ce double enjeu climatique et de qualité des sols, le Cemagref, dans le cadre d'une thèse avec l'Ademe, a mis au point un outil simple et peu coûteux pour quantifier le carbone organique stocké dans les sols. Basée sur la spectrométrie proche infrarouge, cette méthode très rapide par rapport aux analyses chimiques, permet de cartographier le sol avec précision à l'aide d'une multitude d'échantillons. En quelques minutes, on détermine le carbone organique, l'azote total, le carbone microbien, les activités bactériennes de dénitrification et nitrification potentielles ainsi que deux enzymes de dégradation du sol.