Au cours de l'examen, plusieurs amendements d'origine gouvernementale ont été adoptés, afin de « trouver un équilibre entre le souhaitable et le possible », selon les termes du rapporteur. La nouvelle rédaction vise en particulier à adapter le principe de référence de répartition des charges « en fonction des spécificités propres des collectivités, leur capacité financière, leur capacité technique ou encore l'intérêt qu'elles retirent de la réalisation de la nouvelle infrastructure de transport ». Au-delà de la question des ouvrages neufs se pose par ailleurs celle du traitement des ouvrages existants. Or, pour le gouvernement, « il n'est pas envisageable que la loi remette en cause les conventions existantes réglant la situation de certains ouvrages de rétablissement ». Si la loi impose, en cas de dénonciation, la conclusion d'une nouvelle convention, « elle entraînera un appel d'air que les gestionnaires d'infrastructures de transport ne peuvent assumer, tant en terme financier qu'en terme de charge de travail pour leur élaboration ». L'enjeu financier se chiffre en effet « en dizaines de millions d'euros par an pour la surveillance et l'entretien et en centaines de millions d'euros par an pour les travaux de renouvellement (grosses réparations ou reconstruction) ».