Michel Margnes a été a nouveau nommé par décret du Président de la République en date du 4 août 2008 (JO du 06/08/08), Président du Directoire et Président directeur général de la Compagnie nationale du Rhône (CNR). Il se voit confier, en parallèle de ses fonctions actuelles, l'intérim de la Présidence du Conseil d'administration de Voies navigables de France.