Sur proposition du ministre d'Etat, ministre de l'Ecologie, de l'Energie, du Développement durable et de l'Aménagement du territoire, Jean-Louis Borloo, le Conseil des ministres réuni le 4 février 2009 a nommé Alain Gest à la présidence du conseil d'Administration de Voies navigables de France. Il succède à François Bordry, qui a présidé VNF de novembre 1994 à juillet 2008. De juillet 2008 à janvier 2009, Michel Margnes, président de la Compagnie nationale du Rhône, a assuré l'intérim de la présidence de l'établissement public.