De la bonne santé des bactéries dépend le rendement épuratoire d'une station d'épuration. Aqualyse propose donc d'évaluer l'état des boues activées par respirométrie, avec des outils très rapides. Deux modèles sont diffusés depuis quelques mois. L'Aquatox cible les analyses sur paillasses et peut tester six échantillons en même temps. On peut évaluer ainsi l'effet sur les bactéries de différentes concentrations de polluants (avant acception d'un nouvel effluent), identifier le point optimal d'aération ou encore les consortiums de bactéries les mieux adaptés. L'Aquascope, version portable, ne comporte qu'une micro-électrode, pour un test directement dans le bassin. L'appareil garde en mémoire les dix dernières mesures effectuées au même emplacement, ce qui permet de caractériser la step par zones et d'optimiser les procédés (problèmes d'aération par exemple).