Parlement et Conseil sont parvenus à un compromis sur la proposition de la Commission sur l'application de l'ETS au secteur aérien. Il prévoit que le système actuel « Stop the clock », qui restreint l'application de la directive aux vols intra-européens, en vertu d'une dérogation accordée aux vols intercontinentaux jusqu'en avril 2014, sera étendu jusqu'à la fin 2016. Ensuite, soit il y a un accord satisfaisant sur un instrument de marché international, et l'UE modifiera sa législation ETS en conséquence, soit l'Organisation internationale de l'aviation civile (OACI) n'a pas finalisé un accord satisfaisant et, dans ce cas, c'est la directive ETS initiale qui s'appliquera en incluant tous les vols à destination et au départ des aéroports de l'Union européenne. Selon l'ONG Transport & Environment (T&E), cet accord réduirait des trois quarts la quantité d'émissions de CO 2 couverte par l'ETS. Si l'aviation était un pays, il serait classé au 7e rang mondial des plus gros émetteurs, entre l'Allemagne et la Corée, affirme T&E.