Selon un rapport de la Cour des comptes européenne, le Feder ne remplit pas ses objectifs de protection de la biodiversité. L'étude de 32 projets financés entre 2007 et 2013 montre que, si la protection de la biodiversité en Europe était bien leur objectif, les projets portaient uniquement sur la préparation des plans de protection et de gestion, sans suivi des résultats. La réforme de la politique de cohésion, telle qu'elle sera appliquée en 2014-2020, répond aux principales critiques.