Lorsqu'un projet nécessite la destruction d'une zone humide, l'aménageur doit compenser cette destruction. Certains Sdage ont établi des ratios de compensation en surface ou en fonctionnalité équivalente. Dans les faits, l'action mise en œuvre n'est pas toujours pertinente, par méconnaissance des fonctions des zones humides. « Compenser la destruction d'une zone humide par une mare n'est pas forcément la solution adéquate » détaille Anne Vivier chargée de mission Restauration des milieux à l'Onema. D'où le lancement d'un projet commun sur trois ans entre l'Onema et le Muséum national d'histoire naturelle. Il vise à élaborer une méthode d'évaluation des fonctionnalités des zones humides (hydrologiques, physiques ou encore écologiques) qui soit simple et applicable sur l'ensemble du territoire. « Nous souhaitons aussi élaborer une méthode peu chronophage avec l'idée de passer une demi-journée au maximum sur le terrain » ajoute Anne Vivier. Un état de l'art de tous les outils d'évaluation utilisés en France (par bassin ou par type de milieu) et à l'étranger a déjà été réalisé. La première version de la méthode sera testée dès cette année sur trois types de milieux : zones humides de vallées alluviales, marais atlantiques et zones humides en tête de bassin représentant la majorité des zones humides présentes en France. Quant à la version définitive, elle devrait être opérationnelle fin 2015. La méthode sera ensuite diffusée le plus largement possible auprès des agents de l'Onema puis des bureaux d'études, des services de l'État instructeurs des dossiers loi sur l'eau et des aménageurs.