Si la France échappe dans l'immédiat à des sanctions pécuniaires, elle devra se mettre en règle au plus vite afin d'éviter un nouveau recours de la Commission qui l'exposerait à de lourdes pénalités. Lors de sa conférence de rentrée le 4 septembre, le jour même de l'annonce de la condamnation, la ministre de l’Écologie a précisé que cet arrêt porte sur une ancienne génération de programmes d'action d'avant 2011 et que depuis la plupart des sujets soulevés dans le jugement de la Cour de justice avait été été corrigée. Ségolène Royal avait annoncé dès cet été l'élargissement des zones vulnérables. Une liste de 3 800 communes a d'ores et déjà été identifiée pour s'ajouter aux 19 200 communes déjà classées . La consultation a démarré et la nouvelle carte devrait être publiée en fin d'année. Cette condamnation a suscité les réactions sans surprise de FNE et de la FNSEA. Pour la première, « il n'y aura pas de réponse réglementaire solide sans une réponse agronomique et politique forte pour faire émerger un nouveau modèle agricole ». La seconde dénonce une impasse pour les agriculteurs et réclame une remise à plat de la directive.